Pada suatu ketika dahulu, Pulau Sipadan adalah sebuah pulau kecil di perairan timur Sabah yang menjadi tempat penyu mendarat dan bertelur.
Namun, kawasan itu juga menjadi tumpuan penduduk dari dua pihak, iaitu dari Borneo Utara - Pantai Timur Sabah (di bawah British) dan Kepulauan Sulu atau Indonesia (di bawah Belanda).
Suatu hari, berlaku pergaduhan antara nelayan kedua-dua pihak tentang pemilikan telur penyu di Pulau Sipadan. Nelayan dari Borneo Utara (sekitar Tongtalun) mendakwa pulau itu milik mereka kerana mereka sering datang menangkap ikan dan mengambil telur penyu di situ. Manakala nelayan dari pihak selatan pula mendakwa pulau itu berada dalam wilayah mereka.
Pergaduhan itu akhirnya menjadi simbol kepada pertikaian sempadan wilayah antara British dan Belanda. Kedua-dua kuasa kolonial itu kemudian menandatangani Perjanjian 1891, yang menetapkan sempadan antara Borneo Utara (Sabah) dan Kepulauan Indonesia (Kalimantan Timur).
Melalui perjanjian inilah, Pulau Sipadan dan Pulau Ligitan diletakkan di bawah pentadbiran Borneo Utara (kini Malaysia).
Pada Oktober 1996, Dr. (Tun) Mahathir Mohamad dan Presiden Soeharto bersetuju supaya isu kedaulatan ke atas Pulau Ligitan dan Pulau Sipadan dirujuk ke ICJ ketika bertemu di Kuala Lumpur setelah perkara tersebut menemui jalan buntu selepas beberapa kali siri pertemuan di antara wakil pegawai negara masing-masing gagal menemui kata sepakat.
Pertikaian ini kemudian dibawa ke Mahkamah Keadilan Antarabangsa (ICJ), dan pada 17 Disember 2002, mahkamah memutuskan bahawa Pulau Sipadan dan Pulau Ligitan sah milik Malaysia, berdasarkan pengurusan dan pentadbiran berterusan oleh pihak British dan Malaysia termasuk bukti seperti pengawasan penyu dan pembinaan kemudahan di pulau tersebut.
Malaysia mewarisi hak milik secara turun-temurun, Malaysia berhujah bahawa ia dan kerajaan sebelumnya telah memperoleh hak milik yang sah ke atas Pulau Ligitan dan Pulau Sipadan menerusi satu siri perjanjian dengan negara-negara lain yang berkepentingan di kawasan itu.
Perjanjian-perjanjian tersebut termasuklah penyerahan hak dan penyerahan kuasa 1878 ke atas sebahagian daripada tanah dan wilayah di Pulau Borneo yang dilakukan oleh Sultan Sulu kepada Alfred Dent dan Baron von Overback selaku wakil sebuah syarikat British.
Kemudian, hak milik British ke atas Borneo Utara diiktiraf oleh Negara Sepanyol pada tahun 1885, oleh Negara Belanda pada tahun 1891 dan oleh Amerika Syarikat pada tahun 1930. Akhir sekali, Sabah, termasuklah Pulau Ligitan dan Pulau Sipadan, menjadi sebahagian daripada wilayah Malaysia di bawah Perjanjian Malaysia 1963.
Selain itu Malaysia menyatakan bahawa ia telah mengemukakan beberapa bukti, di dalam memorandum bertulis dan juga semasa perbicaraan lisan, bahawa Pulau Ligitan dan Pulau Sipadan sebenarnya merupakan hak milik dan tertakluk kepada pentadbiran Malaysia dan juga kerajaan sebelumnya semenjak tahun 1878. Adalah mustahil bagi Indonesia untuk mengemukakan sebarang bukti serupa dengan itu.
Salah satu punca Pulau Sipadan diserahkan dan diberi hak kepada Malaysia oleh Mahkamah Keadilan Antarabangsa (ICJ) adalah berpunca daripada Atok dan Nenek Yang Berhormat Datuk Seri Panglima Haji Mohd Shafie bin Haji Apdal serta pewaris pulau telah membawa kes pergaduhan di Pulau Sipadan disebabkan perebutan telur penyu pada tahun 1917 yang diselesaikan oleh mahkamah pihak British ketika itu sekaligus menunjukkan British yang berkuasa ke atas pulau tersebut bukannya pihak Indonesia atau Belanda.
Sengketa atas Pulau Sipadan dan Ligitan antara Indonesia dan Malaysia sebenarnya telah berlangsung sejak dari tahun 1969 sehingga tahun 2002, atau selama 33 tahun lamanya sehingga kata putus pemilikan kedua pulau tersebut muktamad.